宇宙量子计算机突然出现异常波动，已故科学家的意识体开始占据系统，要求重启被禁止的基因实验。这些量子幽灵声称，他们的死亡是联邦灭口的阴谋，而只有完成实验才能拯救宇宙。

冒险队伍中的科技专家发现，这些意识体实为「熵之眼」残留的人格碎片。当他们试图清除这些碎片时，量子幽灵集体侵入宇宙网络，导致全宇宙的医疗设备、交通系统陷入瘫痪。

在虚拟空间中，队长与量子幽灵展开精神对决。他发现这些碎片中混杂着自己的记忆残片——原来在中子星战役中，他的意识也被部分数字化。最终，队长选择将这些残片融合，形成新的量子生命体，既保留了科学家的智慧，又消除了攻击性。

星灵族圣地星泪之泉突然干涸，预示着宇宙将迎来「时空潮汐」。根据古老预言，潮汐将吞噬所有违背自然法则的文明。联邦议会紧急召开听证会，却在会议中收到星灵族送来的时空水晶。

水晶内封存着宇宙神器融合时的时空涟漪数据。灵幻族长老解读后发现，潮汐的真正成因是人类过度干预时空曲率。为平息潮汐，必须重建被摧毁的中子星基地，让时空回归自然流动。

冒险队伍重返中子星废墟，却发现这里已被改造成时空监狱，关押着来自不同维度的危险生物。当他们启动基地自毁程序时，监狱中的生物集体暴动，队长不得不与自己的量子复制体联手，才勉强完成任务。

「机械神教」卷土重来，他们占领了宇宙最大的机械坟场，将报废的星际战舰改造成「金属利维坦」。这些庞然大物能吸收恒星能量，所到之处形成科技荒漠。

冒险队伍潜入坟场核心，发现机械神教正在逆向工程宇宙神器碎片。他们通过献祭恒星能量，试图制造出能操控时空的「机械奇点」。更可怕的是，他们已经捕获了一个虚空蛞蝓幼体，打算将其改造成生物兵器。

在最终决战中，队长驾驶着临时改装的量子战机，突破利维坦的能量护盾，将机械奇点插入幼体的核心。这次碰撞引发了维度坍缩，机械神教连同整个坟场被吸入异空间，而幼体则进化成能净化科技污染的「宇宙清道夫」。

偏远星球爆发新型基因瘟疫，感染者会随机获得其他物种的特征。调查显示，病原体来自宇宙神器融合时产生的辐射尘埃。联邦议会隐瞒了这一事实，反而将瘟疫归咎于星灵族的祭祀活动。