司马芝在任十一年，多次上奏修订不合时宜的法规。他在公卿中始终正直处世。后来因诸王入朝时与京都人士交往牵连，被免职。

司马芝后来担任大司农。此前，各典农部的官吏和百姓中，有不少人从事商业经营来牟利。司马芝上奏说：“圣王治理天下，崇尚根本（农业）而抑制末业（商业），重视农耕与粮食生产。《王制》中说：‘国家若没有三年的粮食储备，就称不上稳固的国家。’管仲也强调积储粮食的紧迫性。如今吴、蜀二敌未灭，战争不断，国家的根本大计在于粮食和布帛。魏武帝（曹操）特意设立屯田官员，专门以农桑为业，因此建安年间天下仓廪充实，百姓生活富足。但自黄初年间以来，允许各典农官自行经营商业，只为局部利益考虑，这实在不符合国家整体利益。

帝王以天下为家，所以古书上说：‘百姓不富足，君主又怎能富足？’国家富足的关键，在于不耽误农时而充分利用地力。农民从正月耕种开始，除草、采桑、耕地、种麦、收割、打场，直到十月才能完成全年农事。之后还要修建粮仓、运输租赋、修整道路桥梁、用泥涂抹房屋，一整年没有一天不在为农事忙碌。如今各典农官都说‘留下的人要为外出的人耕种土地，计算劳力后不得不这样做，不荒废一些事务，就需留有余力’。但我认为不应让商业扰乱农业，应专一从事农桑，这对国家大计更为有利。”魏明帝采纳了他的建议。

每当上级官府有召问，司马芝总是先会见属官，分析问题本意，教导他们如何应答，结果往往如他所料。他性格正直坦率，不刻意夸耀自己的清廉。与宾客谈论时，若发现对方观点不当，会当面指出不足，背后却不再议论。

司马芝在任上去世，家中没有多余财物。自曹魏以来担任河南尹的官员，没有能比得上他的。

司马芝去世后，儿子司马岐继承爵位。司马岐从河南丞调任廷尉正，又升任陈留相。梁郡有一起案件，涉案囚犯众多，多年未能判决。朝廷下诏将案件移交到司马岐所属的县审理，县里请求预先准备牢具。司马岐说：“如今囚犯有数十人，既已因巧诈而供词不符，又饱受刑讯之苦，真实情况容易查明，怎能让他们长期囚禁呢！”他到囚室后逐一审问，囚犯都不敢隐瞒欺诈，很快就将案件全部判决。司马岐因此被破格提拔为廷尉。 当时大将军曹爽专权，尚书何晏、邓飏等人辅佐他。南阳人圭泰曾因言语触怒曹爽，被囚禁在廷尉府。邓飏审讯时，想给圭泰定重罪。司马岐斥责邓飏说：“你们身为中枢大臣，本应辅佐君主成就德政，却放纵私愤，冤枉无辜，让百姓人心惶惶，这算什么道理？”邓飏羞惭愤怒地退下。司马岐担心长期得罪权贵，称病辞官，居家不到一年便去世，年仅三十五岁，儿子司马肇继承爵位。（司马肇在西晋太康年间担任冀州刺史、尚书，见于《百官志》。）

评曰：徐奕、何夔、邢颙崇尚严峻刚直的作风，成为当时的名人。毛玠清廉公正，保持本色；司马芝忠诚坚贞，不趋炎附势，两人堪称“不欺软怕硬”的典范。崔琰品格最高尚，鲍勋坚守正义毫无缺失，却都未能保全自身，实在可惜！

《大雅》推崇“既明事理又能自保”，《虞书》崇尚“正直而温和”，若不是兼具多种才能，谁能完全做到这些呢！