突然，一个黑衣人发现了警方留下的痕迹，他紧张地对同伴说：“不好，有人已经来过了。”其他黑衣人立刻警觉起来，他们开始在工厂内搜索柯南等人。

柯南和灰原哀与黑衣人展开了一场激烈的追逐和躲藏。在追逐过程中，柯南利用工厂内的一些设备和障碍物，巧妙地避开了黑衣人的追捕。灰原哀则利用她的智慧和冷静，为柯南提供了一些帮助和建议。

最终，柯南和灰原哀成功地摆脱了黑衣人，并找到了一些关于凶手和神秘公司的重要线索。他们将这些线索交给了警方，警方根据这些线索展开了进一步的调查。

离开废弃工厂时，雨还在不停地下着。柯南看着手中的线索说：“这个案件越来越复杂了，背后一定隐藏着更大的阴谋。”灰原哀点点头：“嗯，我们要小心了，这个神秘公司可能与黑衣组织有关。”

毛利兰在一旁担心地说：“柯南，哀酱，你们一定要小心啊。”柯南和灰原哀相视一笑：“放心吧，我们会没事的。”

在接下来的日子里，柯南和灰原哀继续深入调查这个案件，他们能否揭开背后的真相，找出凶手和神秘公司的秘密呢？一切都还是未知数。