柯南、灰原哀、毛利小五郎以及毛利兰受一位名叫藤森教授的邀请，前往他位于偏远山区的研究基地参观。藤森教授是一位着名的昆虫学家，尤其对蜘蛛类昆虫有深入的研究。

众人来到研究基地后，发现这里四周被茂密的森林环绕，气氛有些阴森。藤森教授热情地迎接了他们，并带着他们参观了研究室和各种昆虫标本。

在参观过程中，柯南注意到一位研究员神色紧张，似乎有什么心事。当他们来到一个存放特殊蜘蛛的房间时，发现一只珍贵的人面蜘蛛标本不见了。这只人面蜘蛛是藤森教授最近在深山里发现的，极为罕见。

“奇怪，怎么会不见了呢？”藤森教授焦急地说道。

就在大家四处寻找人面蜘蛛标本时，突然听到了一声惨叫。众人顺着声音跑去，发现那位神色紧张的研究员倒在地上，已经死亡，他的身上布满了奇怪的蛛丝，死状十分恐怖，就像是被某种巨大的蜘蛛袭击了一样。

“难道是人面蜘蛛干的？”毛利兰惊恐地说道。

柯南立刻开始勘查现场，他发现周围有一些奇怪的脚印和蛛丝痕迹，看起来不像是普通蜘蛛留下的。灰原哀则在一旁仔细检查尸体，发现死者的身上有一些细小的伤口，似乎是被蜘蛛的毒牙所咬。

“从伤口来看，应该是某种带有剧毒的蜘蛛。但人面蜘蛛一般不会主动攻击人类，而且这只标本已经死了，不可能是它作案。”灰原哀说道。

这时，藤森教授告诉他们，在这片森林里，传说有一种巨大的人面蜘蛛，它们生活在深山的洞穴中，以各种动物为食，甚至会袭击人类。

“难道真的有这种可怕的蜘蛛？”毛利小五郎有些不信地说道。