随着交流的深入，联盟与神秘文明之间的误解逐渐消除。神秘文明代表解释道，他们的战舰之所以出现在联盟星系边缘并发动攻击，是因为之前在宇宙探索中遭遇过一些具有侵略性的文明，误以为联盟也是同类。

了解到这一情况后，联盟方面进一步展示了自身的友好与合作诚意。艾娃邀请神秘文明代表参观联盟的一些重要星球，让他们亲身感受联盟丰富多元的文化以及对和平发展的坚定信念。

神秘文明代表欣然接受邀请，在参观过程中，他们对联盟的科技成就，尤其是在基因编辑和生态修复领域的成果表现出了极大的兴趣。而联盟也对神秘文明先进的能源技术和空间跳跃技术深感好奇。

双方意识到彼此在科技领域具有很强的互补性，开始探讨合作的可能性。神秘文明提出，可以与联盟分享他们的能源技术，帮助联盟提升能源利用效率，作为交换，联盟需提供基因编辑技术方面的支持，以解决他们文明中一些生物基因缺陷的问题。

经过多轮细致的商讨，双方初步达成了合作意向。这不仅化解了一场可能爆发的星际战争，更为联盟和神秘文明之间开启了一个全新的合作时代，双方都对未来的共同发展充满了期待。

在初步达成合作意向后，联盟与神秘文明迅速组建了联合工作小组，分别负责推进各项合作事宜。能源技术合作小组由联盟的能源专家和神秘文明的相关技术人员组成，他们的首要任务是深入研究如何将神秘文明先进的能源技术与联盟现有的能源体系相融合。

神秘文明的能源技术基于一种全新的能量转换原理，能够从宇宙中的暗物质获取能量，这一技术若能成功应用于联盟，将彻底解决能源短缺问题。然而，要实现这一目标并非易事，两种不同的能源体系在技术标准、设备兼容性等方面存在诸多差异。合作小组的成员们日夜奋战，对双方的技术数据进行详细比对和分析，尝试找到最佳的融合方案。

与此同时，基因编辑技术合作小组也在紧张工作。联盟的基因编辑专家们深入了解神秘文明生物基因缺陷的具体情况后，制定了一系列针对性的研究计划。他们首先对神秘文明提供的生物样本进行全面的基因测序，以确定基因缺陷的具体位置和影响机制。经过艰苦的努力，专家们发现这些基因缺陷主要集中在几个关键的基因片段上，通过精准的基因编辑有望修复这些缺陷。

在文化交流方面，联盟与神秘文明共同策划了一系列丰富多彩的活动。联盟在各大星球举办神秘文明科技与文化展览，展示神秘文明独特的艺术、建筑风格以及先进的科技成果，让联盟民众对神秘文明有更直观的认识。神秘文明则邀请联盟的文化使者前往他们的星球，举办联盟文化节，展示联盟多元的音乐、舞蹈、文学作品等，增进神秘文明对联盟文化的了解。

然而，合作过程并非一帆风顺。在能源技术融合的研究中，出现了一次严重的能量泄漏事故。由于对神秘文明能源技术的理解不够深入，在一次模拟实验中，能量转换装置突然失控，大量能量泄漏，对实验基地造成了一定程度的破坏。幸运的是，没有人员伤亡。这次事故引发了联盟内部的担忧和质疑，部分人开始对与神秘文明的合作产生动摇。

在基因编辑技术合作方面，也遇到了伦理方面的挑战。神秘文明提出希望利用联盟的基因编辑技术对他们的军事生物进行强化，以增强自身的防御能力。但这一要求引发了联盟内部关于基因编辑技术伦理界限的激烈讨论。一些联盟成员认为，将基因编辑技术应用于军事生物强化可能会引发新的军备竞赛，违背了联盟追求和平的初衷。

面对这些问题，联盟与神秘文明再次展开深入沟通。在能源技术合作方面，神秘文明派遣了更资深的专家前来协助，共同对能量转换装置进行重新设计和优化，加强了安全防护措施。同时，双方制定了更为严格的实验规范和风险评估机制，确保类似事故不再发生。