1864 年霜降后的第十日，幼主召集太平军重要将领会议，将萧有和的最终想法公之于众，西征计划在烛影摇曳中被摊开在檀木案几上。地图上，赭石色的撤退路线如凝血的伤口，从湖州蜿蜒向西。太平军希望通过主动放弃湖州，换取老百姓不被清军屠城所害。

于是湖州地区的太平军，开始筹集物资，准备全军西去。

作为全军的眼睛和探头，洪天娇按计划派出了全部的夜鸢，撒出去，为太平军大部队转移打前站。

而幼天王洪天贵福，干王洪仁玕，毅王李开芳，匡王赖文鸿，幼赞王蒙时雍在幼西王萧有和的护卫下前往广德。堵王黄文金，辅王杨辅清仍然留守湖州，一是为幼主断后；二是在湖州发布告示动员百姓，可以自愿跟随太平军离开湖州，也可以选择留在湖州等待清军接收。得知太平军要撤离湖州，一部分老百姓愿意跟随，大多数老百姓选择了留下。

就在太平军紧锣密鼓作着西征准备时，左宗棠部清军完成调整，发动了第三次湖州围剿战，这一次左宗棠更加谨慎，制定了南北夹攻的计划。

1864年11月中旬，湖州保卫战拉开序幕。

当时。除了北面的长兴，西南面的安吉、孝丰还在太平军手巾外。湖州四周尽是清军的地盘。前来进犯湖州的敌人，除左宗棠的老湘军和洋枪队“常捷军”，还有来自江苏的淮军郭松林、潘鼎新部，从双林镇逃得一命的蔡元吉再次被左宗棠启用。敌人从四面八方扑来，湖州保卫战一开始就显得十分艰苦。

11月中旬，左宗棠命布政使蒋益澧为前敌指挥，分两路进犯湖州：一路由总兵刘连升、王月亮、蔡元吉率军自德清从西南面进发，一路由总兵刘树元率军自东面进发。12月9日，清将刘连升、叛徒蔡元吉率水师首先进攻菱湖。菱湖是太平军在湖州外围的重要军事基地，有重兵驻守。清军来犯，太平军英勇抗击。12月19日，湖州太平军出城，分数路袭击清刘连升在菱湖一带营垒，以解救菱湖。援军与清军在菱湖战斗，不胜，退往湖州，菱湖失守。20日，东林也为清将高连升、洋枪队头目德克碑攻陷。这样，湖州外围第一道防线被清军突破，太平军退守袁家汇、荻港一带第二道防线。12月21日，清将刘树元进犯荻港东面的长生桥，太平军与之激战，失利，长生桥为清军所占。后叛徒蔡元吉盘踞在长生桥。长生桥是湖州东面的门户，战略地位重要，太平军决定组织力量反攻。

1865 年初春，辅王杨辅清率部进攻长生桥，再次把蔡元吉军围困。清总兵刘树元、洋枪队头目实得棱闻讯赶来救援，双方在长生桥一带连日激战。23日，辅王杨辅清、佑王李远继又率太平军分七路力攻长生桥清军，并与清军大战。正当长生桥进行激烈战斗的时候，2月3日，太平军袁家汇守将李得芳叛变降敌，袁家汇失守，湖州外围第二道防线也被清军突破。

在湖州保卫战开始后不久，湖州邻近的长兴太平军也与清军展开了激烈战斗。