赵高趁机说：丞相早有不臣之心，他的儿子李由担任三川郡守，楚地强盗陈胜吴广等人都是丞相故乡邻县的人，所以才敢横行霸道，他们经过三川时，李由只守城不出击，才使得盗贼越来越猖獗。

二世皇帝信了赵高的话，要查办丞相与他的儿子李由。并由赵高办理丞相与他儿子李由的谋反案。李斯被戴上刑具，关进监狱，才后悔当年伪造诏书，既害了公子扶苏，也害了自己。

赵高查办李斯与儿子李由的谋反案，将其宾客和宗族全部逮捕，没收了全部财产，归赵高所有。派门客假扮成御史，谒者，侍中，轮流往复审问拷打李斯，李斯终于忍受不了痛苦的折磨，只好冤屈地招供了。赵高把判决书呈给皇帝，二世皇帝高兴的说：没有赵君，我几乎被丞相出卖了。

李斯被处以极刑，在咸阳街市被腰斩示众，三族的人也都被处死了。

赵高用手中的权力，把大秦忠臣良将斩尽杀绝，动摇了国本。二世皇帝却不知道危险已经到来，还赞赏赵高，是典型的被人卖了，还替人数钱的蠢货。

李斯死后，二世皇帝任命赵高为丞相，无论大事小事都由赵高决定，二世皇帝只是一个傀儡皇帝。赵高想叛逆自己当皇帝，又怕群臣不从，就想出个计谋做试验。他命人牵来一只鹿，献给二世皇帝说：这是一匹马，献给皇帝。

二世皇帝笑着说：丞相搞错了，你把鹿当成马了！

赵高便问二世皇帝左右的大臣，左右大臣有的沉默，有的迎合赵高说是马，有的说是鹿。事后，凡是说是鹿的，都被赵高暗中陷害了，从此所有大臣都害怕赵高。

此时函谷关以东，起义军风起云涌，燕国，赵国，齐国，楚国，韩国，魏国都自立为王。项羽大军多次击退章邯，并俘虏了秦大将王离。沛公率数万大军已杀进武关，为大秦灭亡敲响丧钟。